労基署から労基法違反を指導された監理団体

監理団体の通訳からの労働相談です。
体調が悪いので休んだら「いらない」と言われて解雇されました。
失業保険を受けるため離職票を求めたら、「雇用ではなく委託」「雇っていない」と言われました。
契約書をもらっていないので、労働条件通知書の不交付（労基法第15条）で訴えて、不払い賃金と解雇予告手当を請求しました。
労基署が調査し、確かに働かせていたことを確認して、労基法違反と不払い賃金の支払うを指導しました。
しかし、監理団体は労基署の指導にしたがいません。

この監理団体は同じく愛知県内にある建設会社の社長が理事長を兼任し、この会社でも社員に労働条件通知書を発行せず、賃金不払いで解雇していました。
果たして、こんな監理団体が実習生を受け入れていいのでしょうか？
また、建設業ですから国土交通省はどう把握しているのでしょうか？