特定技能の費用は？

元実習生からの相談です。登録支援機関に紹介されて20万円の正社員求人でいったのに、ビザ手続き直前に時給1000円のパート契約書にサインさせられました。試用期間6カ月というのでサインしたら6カ月後は時給1,050円になっただけ。契約書にある予告日で退職を申し出たら、ビザ費用の4月分/12月＝50,820円と初任者研修費用74,800円を請求されました。外国人は訪問介護に行けないのでヘルパー資格を取っても本人にはあまり意味がありません。
特定技能では「外国人に対する報酬の額が日本人が従事する場合の報酬の額と同等以上であること。」と書かれていますが、大阪の最低賃金は992円で、ほぼ最低賃金と同等でした。
彼女は登録支援機関と就業先にこのような誓約書を取られていました。これを根拠に「払わなければ裁判にかける」と言われ、怖くなり相談にきました。労基署に相談しましたが、この誓約書ではただちに労基法違反にはならないそうです。しかしこれだけで辞めさせない脅しにはなります。
特定技能については実習生のような保護法がないのでよくわかりません。
登録支援機関の責任はどうなっているのでしょう？実習生への請求はどこまで認められるのでしょう？